ES มีข้อจำกัดดังนี้ (Haag et al., 2000)
1) การนำความรู้ความเชี่ยวชาญมาใช้ใน ES ในบางครั้งอาจทำได้ยากเนื่องจากผู้เชี่ยวชาญอาจจะไม่สามารถอธิบายได้ว่าตนเองรู้อะไรบ้าง
และบางครั้งก็ไม่สามารถอธิบายเหตุผลของความรู้ได้อย่างชัดเจน
2) แม้ว่าผู้เชี่ยวชาญจะสามารถอธิบายองค์ความรู้และกระบวนการการให้เหตุผลอย่างชัดเจน
แต่กระบวนการในการสร้างกฎเกณฑ์อาจจะสลับซับซ้อนมากเกินไป
จนไม่สามารถเสนอแนะคำตอบได้อย่างแน่ชัด
3) การใช้ ES จะใช้แก้ปัญหาที่ได้รับการออกแบบและใส่ข้อมูลในโปรแกรมแล้วเท่านั้น
ดังนั้น ES จึงไม่สามารถจัดการปัญหาที่เกิดขึ้นใหม่
นอกจากนี้ ES ไม่สามารถเรียนรู้จากประสบการณ์ที่ผ่านมาและไม่สามารถใช้ความเชี่ยวชาญที่มีอยู่เพื่อจัดการกับปัญหาใหม่ๆ
แบบที่มนุษย์ทำได้
4) ES ไม่มีวิจารณญาณในการเสนอแนะ ดังนั้นในบางกรณีอาจจะนำไปสู่อันตรายได้
